Аминокислоты, белки.

Гидрофобность аминонокислот.



Гидрофобность аминокислот выражает степень в которой они предпочитают неполярное окружение (этанол в качестве растворителя или внутренность белка) по сравнению с полярным окружением, таким как вода. На этой диаграмме гидрофобные аминокислоты располагаются ниже нуля, а гидрофильные - выше.

Используются две шкалы. Шкала Фроммеля (Frommel, 1984) выражает свободную энергию переноса из гидрофобной среды в воду. Это внутреннее свойство аминокислоты, не зависящее от роли аминокислоты в белке. OMH шкала (Sweet and Eisenberg, 1983) - мера того, на сколько вероятна замена данной аминокислоты другой гидрофобной аминокислотой.

Frommel, C. 1984. The apolar surface area of amino acids and its empirical correlation with hydrophobic free energy. J. Theor. Biol. 111:247-260.

Sweet, R.M. and Eisenberg, D. 1983. Correlation of sequence hydrophobicities measures similarity in three-dimensional protein structure. J. Mol. Biol. 171:479-488.




Относительная оценка подобия аминокислот.



Свойства аминокислот.




Амино- кислота Букв. обозн. Структура Формула Химическая группа; pKa иони- зированной боковой цепи Mw Заряд pH6-7 Alanine  Alanine Ala   A C3H7NO2 Aliphatic 89.1 0 Arginine   ARginine Arg   R C6H14N4O2 Basic ~11.5-12.5 (12) 174.2 (+) Asparagine   AsparagiNe Asn   N C4H8N2O3 Amide 132.1 0 Aspartic acid  AsparDic Asp   D C4H7NO4 Acidic 3.9-4.5 (4) 133.1 (-) Asparagine or Aspartic acid Asx   B       -   Cysteine   Cysteine Cys   C C3H7NO2S Sulfur 8.3-9.5 (9) 121.2 0 Glutamic acid   GluEtamic Glu   E C5H9NO4 Acidic 4.3-4.5 (4.5) 147.1 (-) Glutamine   Q-tamine Gln   Q C5H10N2O3 Amide 146.1 0 Glutamine or Glutamic acid Glx   Z       -   Glycine   Glycine Gly   G C2H5NO2 Aliphatic 75.1 0 Histidine   Histidine His   H C6H9N3O2 Basic 6.0-7.0 (6.3) 155.2 (+) Isoleucine   Isoleucine Ile   I C6H13NO2 Aliphatic 131.2 0 Leucine   Leucine Leu   L C6H13NO2 Aliphatic 131.2 0 Lysine   перед L Lys   K C6H14N2O2 Basic 10.4-11.1 (10.4) 146.2 (+) Methionine   Methionine Met   M C5H11NO2S Sulfur 149.2 0 Phenylalanine   Fenylalanine Phe   F C9H11NO2 Aromatic 165.2 0 Proline   Proline Pro   P C5H9NO2 Imino 115.1 0 Serine   Serine Ser   S C3H7NO3 Hydroxyl 105.1 0 Threonine   Threonine Thr   T C4H9NO3 Hydroxyl 119.1 0 Tryptophan   TWyptophan Trp   W C11H12N2O2 Aromatic 204.2 0 Tyrosine   TYrosine Tyr   Y C9H11NO3 Aromatic 9.7-10.1 (10.0) 181.2 0 Valine   Valine Val   V C5H11NO2 Aliphatic 117.1 0 a-amino       Basic 6.8-8.2 (8.0)   (+) a-carboxyl       3.2-4.3 (3.6)   (-)

¹ - чем ниже, тем менее вероятна мутация соответствующей АА.

² - гидрофобность - произвольные единицы основанные на OHM шкале, которые выражают возможность замены одной аминокислоты другой в ходе эволюции.
Sweet, R.M. and Eisenberg, D. 1983. Correlation of sequence hydrophobicities measures similarity in three-dimensional protein structure. J. Mol. Biol. 171:479-488.

³ - Hopp, T.P. and Woods, K.R. 1981. Prediction of protein antigenic determinants from amino acid sequences. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 78:3824-3828.

⁴ - Kyte, J. and Doolittle, R.F. 1982. A simple method for displaying the hydropathic character of a protein. J. Mol. Biol. 157:105-132.

⁵ - вероятность того, что>5% поверхности аминокислоты соприкасается с раствором, окружающим белок.




Конверсия: масса - моли (белок).

Mw (kDa) 1µg 1nmol 10 100pmol, 6x1013шт. 10µg 50 20pmol, 1.2x1013шт. 50µg 100 10pmol, 6x1012шт. 100µg 150 6.7pmol, 4x1012шт. 150µg

Форма поможет пересчитать массу в моли и обратно. Объяснение принципа работы формы и подробная инструкция откроется в новом окне при нажатии на эту кнопку:   

Можно восстановить   

 


Молекулярный вес белка [kDa]:

Перевод массы в моли:


g     mg     µg     ng     pg     fg               mol     mmol     µmol     nmol     pmol     fmol     amol

молекул

Перевод молей в массу:


mol     mmol     µmol     nmol     pmol     fmol     amol               g     mg     µg     ng     pg     fg

молекул


Вычисление молярной концентрации:

g     mg     µg     ng     pg     fg     в      l     ml     µl     nl     pl     fl       M     mM     µM     nM     pM     fM     aM


Вычисление количества белка по концентрации:

M     mM     µM     nM     pM     fM     aM     в      l     ml     µl     nl     pl     fl       g     mg     µg     ng     pg     fg

Пересчёт молярного количества в молярную концентрацию.

Объяснение принципа работы формы и подробная инструкция откроется в новом окне при нажатии на эту кнопку:   

Можно восстановить   

 
Расчёт молярной концентрации (M) по молярному количеству (mol).


mol     mmol     µmol     nmol     pmol     fmol     amol     в      l     ml     µl     nl     pl     fl       M     mM     µM     nM     pM     fM     aM

Расчёт молярного количества (mol) по молярной концентрации (M).


M     mM     µM     nM     pM     fM     aM     в      l     ml     µl     nl     pl     fl       mol     mmol     µmol     nmol     pmol     fmol     amol

Конверсия ДНК/белок.

Можно восстановить   

Перевод ДНК --> белок:


[kb]          [kDa]    AA

Перевод белок --> ДНК:


[kDa]       [kb]    AA




AA           [kDa]    [kb]

"Практическая Молекулярная Биология" http://molbiol.edu.ru
e-mail: pmb@molbiol.edu.ru