Бактериальная клетка содержит.
| | на 1 клетку | на 1L (109cells/ml) |
| геномная DNA | 17fg | |
| RNA | 100fg | |
| белок | 0.16pg (~140 µg/ml) | 0.15g |
| сухой вес | 0.28pg | 0.28g |
| влажный вес | 0.95pg | 0.95g |
| объём | 1.2fL | |
|
Теоретически возможный выход рекомбинантного белка из 1L культуры (109cells/ml).
| % от тотального белка | Выход (mg/L) |
| 0.1 | 0.15 |
| 2.0 | 3 |
| 50.0 | 75 |
|
Средняя человеческая клетка.
|
DNA ~6pg/cell (30-60 µg/ml крови) | кодирующая часть | ~3% |
| число генов | 0.5-1.0х105 |
| число активных генов | 1.5х104 |
|
относительное содержание DNA/RNA в ядре ~2/1 |
|
RNA (total) ~10-50pg/cell (1-5 µg/ml крови) | rRNA | 80-85% |
| tRNA, snRNA and low mol. wt. RNA | 15-20% |
| nuclear RNA | ~14% |
| mRNA | 1-5% |
| |
|
число mRNA молекул 0.2-1.0х106 | число различных типов mRNA | 1.0-3.4х104 |
низкокопийная mRNA
(5-15 копий на клетку)/ <0.004% от total RNA | ~11.000 |
среднекопийная mRNA
(200-400 копий на клетку)/ <0.1% от total RNA | ~500 |
высококопийная mRNA
(~12,000 копий на клетку)/ 3% от total RNA | <10 |
|
Длительность клеточного цикла.
| Фаза: | Что происходит: | Длительность [h]: |
| G1 | gap 1 | 1-9 |
| S | синтез DNA | 5-9 |
| G2 | gap 2 | 3-4 |
| M | митоз | 0.075 (4.5') |
|
Длительность клеточного цикла для различных типов клеток.
| Вид: | Тип клеток: | Длительность [h]: |
| Human | W1-38 | 24.5 |
| | diploid fetal lung fibroblasts | 19.5 |
| | HeLa S3 | 21 |
| Mouse | 3T3 | 19 |
| | L cells | 23 |
|
Размер гаплоидого генома и количество молекул (копий уникального гена) в 1 µg.
| "Организм" | Размер генома. | В 1 µg содержится: |
| (bp) | (Da) | (mol) | (молекул) | 1kbp фрагмента |
| 20mer oligo | 20 | 6.5x103 | 152pmol | 9.2x1013 | |
| 1kb dsDNA | 1000 | 6.5x105 | 1.52pmol | 9.2x1011 |
| средняя mRNA | 1930 | 6.6x105 | 1.52pmol | 9.2x1011 |
| pUC19 | 2686 | 1.7x106 | 0.59pmol | 3.5x1011 |
| pSK | 2961 | 1.9x106 | 0.53pmol | 3.2x1011 |
| SV40 | 5,243 | 3.4x106 | 0.29pmol | 1.8x1011 |
| ФХ174 | 5,386 | 3.5x106 | 0.29pmol | 1.7x1011 |
| Adenovirus 2 | 35,978 | 2.3x107 | 43fmol | 2.6x1010 | 28ng |
| Бактериофаг лямбда | 48,502 | 3.2x107 | 31fmol | 1.9x1010 | 20ng |
| | | | | | |
| Escherichia coli | 4.7x106 | 3.1x109 | 0.32fmol | 1.9x108 | 210pg |
| Saccharomyces cerevisiae | 1.5x107 | 9.8x109 | 0.10fmol | 6.2x107 | 65pg |
| Dictyostelium discoideum | 5.4x107 | 3.5x1010 | 29amol | 1.7x107 | 18pg |
| Arabidopsis thaliana | 7.0x107 | 4.6x1010 | 22amol | 1.3x107 | 14pg |
| Caenorhabditis elegans | 8.0x107 | 5.2x1010 | 19amol | 1.2x107 | 12pg |
| Drosophila melanogaster | 1.4x108 | 9.1x1010 | 11amol | 6.6x106 | 7.1pg |
| Gallus domesticus (курица) | 1.2x109 | 7.8x1011 | 1.28amol | 7.7x105 | 0.83pg |
| Mus musculus | 2.7x109 | 1.8x1012 | 0.56amol | 3.4x105 | 0.37pg |
| Ratus norvigeticus | 3.0x109 | 2.0x1012 | 0.50amol | 3.0x105 | 0.33pg |
| Xenopus leavis | 3.1x109 | 2.0x1012 | 0.50amol | 3.0x105 | 0.33pg |
| Homo sapiens | 3.3x109 | 2.1x1012 | 0.48amol | 2.9x105 | 0.31pg |
| Zea mays | 3.9x109 | 2.5x1012 | 0.40amol | 2.4x105 | 0.26pg |
| Nicotiana tabacum | 4.8x109 | 3.1x1012 | 0.32amol | 1.9x105 | 0.21pg |
|
Геном дрозофилы.
Оценка размера генома по кинетике регибридизации: 1.3x108bp (8.5x1010Da).
Размер отдельных хромосом:
| Хромосома. | x108bp | x1010Da |
| Х | 0.4 | 2.6 |
| 2 | 0.6 | 4 |
| 3 | 0.7 | 4.3 |
| 4 | 0.06 | 0.4 |
|
Состав генома:
GC содержание ~43%;
p=1.701 в нейтральном CsCl;
Tm (в 1хSSC)=85.6oC;
Не наблюдается дефицита CpG дуплетов; <1MeA/10kbp, <1MeC/10kbp.
RNA.
Размер RNA.
Средний размер mRNA = 1.9kb (6.6x105Da)
tRNA = 75b (2.6x104Da)
5S rRNA = 0.1kb (4.1x104Da)
16S rRNA (E.coli) = 1541b (5.2x105Da)
23S rRNA (E.coli) = 2904b (9.9x105Da)
Время полураспада молекулы mRNA: для примерно половины всех молекул T1/2~6h, но многие <10'.
Частоты встречаемости (на 1000) кодонов в генах различных организмов приведены в таблице. Для того, чтобы проанализировать частоты встречаемости кодонов в конкретной последовательности, можно воспользоваться интерактивной формой, имеющейся на сайте.
Размер 18S и 28S RNA.
| Организм. | 18S rRNA | 28S rRNA |
|
Human | 1868b / 6.4x105Da | 5025b / 1.7x106Da |
|
Rabbit | 2366b / 8.0x105Da | 6333b / 2.2x106Da |
|
Rat | 1874b / 6.4x105Da | 4718b / 1.6x106Da |
|
Mouse | 1869b / 6.4x105Da | 4712b / 1.6x106Da |
|
Drosophla* | 1976b / 6.7x105Da | 3898b / 1.3x106Da |
|
* - 28S RNA дрозофилы разваливается приблизительно пополам, если при выделении температура поднимается >65oC. На форезе эти половинки сливаются с 18S RNA, так что видно только одну "рибосомную” полосу.
Сплайсинг у D. melanogaster.
5’.....A/CAG
GTA/GAGTA/T.....A/TCTAATC/T.....(T)5(T/C)3TTXCAG
’A/GT.....3’
бранчпоинт
Средняя длина интронов 79bp.
