Температура гибридизации.
- Tm(DNA:DNA) падает на 1-1.5oС при понижении гомологии на 1%.
Скорость гибридизации.
- Время регибридизации двухцепочечного растворе:
T ~ 1-3 x Cot1/2
Cot1/2= 2/x y/5 z/10
x [µg] - вес зонда
y [kb] - сложность (для большинства зондов = длина)
z [ml] - объем реакции.
- В присутствии 10% декстрансульфата (или 10% PEG) скорость гибридизации возрастает приблизительно в 10 раз (но возрастают вязкость и фон).
- Введение формамида замедляет гибридизацию
50% => в 2-3 раза
80% => в 4 раза