Нуклеотидные последовательности.

Операции с нуклеотидной последовательностью.

Форма проводит просые манипуляции с нуклеотидной последовательностью (чтение в обратную сторону, чтение комплементарной, перевод в двухцепочечную). Она понимает стандартные обозначения полиморфных нуклеотидов. Можно проводить как одиночное преобразование, так и несколько преобразований одновременно.

Трансляция нуклеотидной последовательности.

Форма проводит трансляцию нуклеотидной последовательности в выбранных рамках считывания, при этом правильно воспринимает полиморфные нуклеотиды. Можно выбирать несколько рамок одновременно. Можно переключаться между трёхбуквенным и однобуквенным кодом.

Поиск редких кодонов в кодирующей последовательности.

Одна из проблем при экспрессии белков связана с редкими кодонами в кодирующей последовательности. Кроме интерактивной формы, позволяющей проанализировать частоты встречаемости кодонов в конкретной последовательности, на сайте имеется таблица частоты встречаемости кодонов в распространённых лабораторных организмах.

Расчёты.

Спектрофотометрическое измерение концентрации нукл. кислот.

Расчёт концентрации нуклеиновых кислот по оптической плотности (ДНК, РНК, олигонуклеотиды). Можно обсчитывать как одиночные измерения, так и серии измерений. Результат выводится для концентрации образца в исходной пробирке (так как учитывается разведение). Кроме того, программа разберётся, какая единица измерения будет самой удобной: "µg/µl", "ng/µl" или "pg/µl". Можно выбрать единицу измерения самому, программа спорить не станет и пересчитает. Имеется help.

Пересчёт скорости вращения в ускорение.

Пересчёт скорости вращения [rpm] центрифуги в ускорение [kg] и обратно. Для расчёта надо измерить (или посмотреть в описании центрифуги) радиус ротора.

Вычисление времени роста бактерий.

"Прогнозирование" роста бактерий. Это полезно при приготовлении химически компетентных и электрокомпетентных клеток. Программу можно использовать и для других организмов на логарифмической стадии роста. Кроме того, оценивается точность прогноза. Имеется help.

Связь биологического количества dNTP’s с радиоактивностью.

Пересчёт активности меченных дидезоксинуклеотидов в массу и молярное количество. Это бывает полезно при оценке того, сколько матрицы следует брать для меченья ДНК или РНК.

Конверсия.

Конверсия: масса - моли (для белков).

Пересчёт для белка с известным молекулярным весом массы (или весовой концентрации) в моли (или молярную концентрацию) и обратно. Программа разберётся, какая единица измерения будет самой удобной, например "mol", "mmol", "µmol", "nmol", "pmol", "fmol" или "amol". Можно выбрать единицу измерения самому, программа спорить не станет и пересчитает. Имеется help.

Конверсия: масса - моли (для нукл. кислот).

Пересчёт для нукл. кислот (ДНК, РНК, олигонуклеотид) массы (или весовой концентрации) в моли (или молярную концентрацию) и обратно. Программа разберётся, какая единица измерения будет самой удобной, например "mol", "mmol", "µmol", "nmol", "pmol", "fmol" или "amol". Можно выбрать единицу измерения самому, программа спорить не станет и пересчитает. Имеется help.

Конверсия ДНК/белок.

Простенькая оценка, какого размера требуется ген для синтеза белка данного молекулярного веса и наоборот, какого размера получится белок для ORF данного размера.

Пересчёт молярного количества в молярную концентрацию.

Пересчёт молярного количества [mol] в молярную концентрацию [M]. Нужно задать объём раствора и всё. Программа разберётся, какая единица измерения будет самой удобной, например "mol", "mmol", "µmol", "nmol", "pmol", "fmol" или "amol". Можно выбрать единицу измерения самому, программа спорить не станет и пересчитает. Имеется help.

Конверсия единиц измерения.

Пересчёт единиц измерения. Например: сколько миллиметров в дюйме. Пересчёты для длины; площади; объёма; угла; времени; скорости; ускорения; силы; давления; энергии; мощности; массы; температуры и радиоактивности. Кратные и дольные приставки. Практически все физические величины. Если чего то не хватает, пишите, добавим. Имеется help.

Прописи растворов.

Таблицы с прописями приготовления растворов позволяют рассчитывать количество реактивов для произвольных объёмов. Таблицы работают следующим образом: в крайнюю правую верхнюю позицию таблицы нужно ввести финальный объем раствора. После нажатия на кнопку "Расчёт" (или клика вне этой позиции) будут вычисленны веса/объёмы всех компонентов раствора для указанного объёма.

Прописи для обычно используемых растворов можно найти в главе "Приготовление растворов". Кроме того, в протоколах имеются собственные списки реактивов. Они тоже обеспечивают пересчёт (например, пропись для приготовления белкового геля). Имеется help.