Борьба с загрязнениями при PCR | Практическая молекулярная биология

Наиболее распространённый способ - UV облучение.

dNTP's	практически нечувствительны
Primer's	заметно чувствительны (зависит от последовательности и концентрации)
Taq pol	весьма чувствительна (5u/µl Taq pol теряет 50% активности за 6' облучения на Stratalinker)

dNTP's сильно поглощают UV. Если проводить облучение PCR-mix без dNTP's, то для достижения того же эффекта требуется ~ в 30 раз меньшее время облучения.
Облучение лучше проводить в растворе, так как сухая DNA в ~5x10³ раз менее чувствительна к облучению, чем влажная.
Механизм инактивации DNA не очень понятен, так как эффективность инактивации не коррелирует ни с количеством пиримидиновых димеров, ни с длиной фланкирующей DNA (межцепочечные сшивки). Присутствие EtBr также не влияет на эффективность инактивации.
Облучение ~5' на Stratalinker приводит к падению эффективности PCR на 750bp фрагменте в ~10⁶ раз. Интенсивность облучения практически линейно падает с увеличением расстояния от ламп Stratalinker.
Длинные фрагменты DNA более чувствительны, чем короткие. Чувствительность довольно резко растёт до ~700bp, затем скорость роста снижается.

Относительная чувствительность:

Загрязнения поверхностей можно устранить 1' обработкой гипохлоридом Na.