Химическая структура нуклеотидов.

Обозначения полиморфных нуклеотидов.

Символ Обозначает Объяснение G G Guanine A A Adenine T T Thymine C C Cytosine R A или G puRine Y C или T pYrimidine M A или C aMino K G или T Keto S C или G сильное /Strong/ взаимодействие - три водородные связи W A или T слабое /Weak/ взаимодействие - две водородные связи H (A, C, T) но не G H следует за G в алфавите B (C, G, T) но не A B следует за A в алфавите V (A, C, G) но не T(U) V следует за T(U) в алфавите D (A, G, T) но не C D следует за C в алфавите N (A, G, C, T) любое основание / Nucleotide

Молекулярный вес нуклеиновых киcлот.

base= 324.5Da
base pair = 649Da
ribo base = 340.5Da
1kb ds DNA (Na) = 6.5x10⁵Da
1kb ss DNA (Na) = 3.3x10⁵Da
1kb ss RNA (Na) = 3.4x10⁵Da
размер: на 1Angstrom приходятся 1.05 оснований.

Конверсия: масса -> моли (NA).

1µg/ml DNA = 3.08µM фосфатов
1µg/ml 1kb фрагмента = 3.08nM 5’-концов
1µg 1kb фрагмента = 1.54pmol = 9.3x10¹¹молекул
1µg 1kb фрагмента = 3.03pmol 5’-концов
1pmol 1kb фрагмента = 0.65µg

Форма поможет пересчитать массу в моли и обратно. Объяснение принципа работы формы и подробная инструкция откроется в новом окне при нажатии на эту кнопку:   

Можно восстановить   

 


dsDNA     ssDNA     RNA     olig      Длина НК [kb]:     Mw для "olig" [kDa]:

Перевод массы в моли:


g     mg     µg     ng     pg     fg               mol     mmol     µmol     nmol     pmol     fmol     amol

молекул

Перевод молей в массу:


mol     mmol     µmol     nmol     pmol     fmol     amol               g     mg     µg     ng     pg     fg

молекул


Вычисление молярной концентрации:

g     mg     µg     ng     pg     fg     в      l     ml     µl     nl     pl     fl       M     mM     µM     nM     pM     fM     aM


Вычисление количества по концентрации:

M     mM     µM     nM     pM     fM     aM     в      l     ml     µl     nl     pl     fl       g     mg     µg     ng     pg     fg

Пересчёт молярного количества в молярную концентрацию.

Объяснение принципа работы формы и подробная инструкция откроется в новом окне при нажатии на эту кнопку:   

Можно восстановить   

 
Расчёт молярной концентрации (M) по молярному количеству (mol).


mol     mmol     µmol     nmol     pmol     fmol     amol     в      l     ml     µl     nl     pl     fl       M     mM     µM     nM     pM     fM     aM

Расчёт молярного количества (mol) по молярной концентрации (M).


M     mM     µM     nM     pM     fM     aM     в      l     ml     µl     nl     pl     fl       mol     mmol     µmol     nmol     pmol     fmol     amol

Конверсия ДНК/белок.

1kb DNA --> 333AA, 37kDA
270bp DNA --> 10kDA
1.35kb DNA --> 50kDA
2.7kb DNA --> 100kDA

На сайте есть удобная программа "Трансляция нуклеотидной последовательности". Она транслирует в любых рамках считывания, с выравниванием или без. Простые манипуляции с нуклеотидной последовательностью (чтение в обратную сторону, чтение комплементарной, перевод в двухцепочечную) можно выполнить с помощью другой программы "Операции с нуклеотидной последовательностью". Для поиска редких кодонов можно использовать форму "Поиск редких кодонов в кодирующей последовательности".


Можно восстановить   

Перевод ДНК --> белок:


[kb]       [kDa]    AA

Перевод белок --> ДНК:


[kDa]       [kb]