Генотип описывает состояние ДНК организма. Упоминаются только повреждённые гены. Если ген не упомянут, то обычно неизвестно, мутантен ли он (многие лабораторные штаммы несут дополнительные, ещё не идентифицированные мутации). Гены описываются трёхбуквенным кодом (обычно - аббревиатура функции гена), наклонный шрифт. Если одна и та же функция определяется несколькими генами, то они различаются заглавной наклонной буквой. Делеции обозначаются знаком за которым в скобках следует список делетированных генов, например: (lac-pro). Все гены между указанными тоже делетированны. Специфический тип мутации обозначается арабскими цифрами.

Фенотип штамма - наблюдаемое поведение. Например, Lac^- - неспособен использовать лактозу как единственный источник углерода. Пишется с большой буквы, за обозначением следует "+" или "-" (или "r" - resistant, "s" - sensitive). Иногда (особенно, когда фенотип не очевиден) он вписывается в генотип вслед за обозначением соответствующего гена.

[В основном из каталога New England BioLabs]

Ampr Устойчивость к ампициллину. Ген bla (периплазматический фермент ß-лактамаза, расщепляющий ß-лактамное кольцо ампициллина). ara Неспособность использовать арабинозу. argF Мутация ornithine carbamoyltransferase. Неспособность использовать аргинин. Cmr Устойчивость к хлорамфениколу. Ген cat (ацетилирует и инактивирует антибиотик). dam Мутация аденин метилазы. Прекращается метилирование аденина в последовательности 5'-G(mA)TC-3' (позиция N6). NB! dam штаммы имеют повышенную частоту рекомбинации, конститутивно экспрессируют ДНК репарирующие функции, плохо трансформируются Dam модифицированными плазмидами. Они используются для того, чтобы приготовить ДНК для расщепления некоторыми метил-чувствительными рестриктазами. В то же время, Dam модифицированные плазмиды плохо вводятся в некоторые бактериальные штаммы (проблемы с репликацией). dcm Мутация цитозин метилазы. Прекращается метилирование цитозина в последовательности 5'-C(mC)AGG-3' или 5'-C(mC)TGG-3' (позиция C5). Штаммы используются для того, чтобы приготовить ДНК для расщепления некоторыми метил-чувствительными рестриктазами. Dcm модифицированные плазмиды плохо вводятся в некоторые бактериальные штаммы (проблемы с репликацией). deoR Мутация регуляторного гена обеспечивающая постоянную экспрессию генов для синтеза дезоксирибозы. Обеспечивает приём больших плазмид. dnaJ Мутация одного из шаперонов. Было показано, что это стабилизирует некоторые белки экспрессируемые в E.coli. dut Мутация dUTPase. В комбинации с ung позволяет включать урацил в ДНК. Используется в некоторых процедурах для мутагенеза. endA Мутация ДНК специфической эндонуклеазы I. Показано, что мутация улучшает выход и качество плазмид (особенно для сиквенса). NB! Присутствие эндонуклеазы дикого типа улучшает качество одноцепочечной ДНК. e14 Профаг-подобный элемент, способный вырезаться из генома. Присутствует в K-12, но отсутствует во многих производных. Содержит (кроме других генов) mcrA, так что e14- производные - McrA-. F' F' эписома (фактор). Низкокопийная, само-передающаяся плазмида. Определяет мужской тип штамма E.coli. Необходима для инфекции бактериофагом M13. Часто содержит порцию хромосомы E.coli: lac оперон и proAB. galK Мутация galactokinase. Неспособность использовать галактозу. galT Мутация galactose-1-phosphate uridylyltransferase. Неспособность использовать галактозу. galU Мутация glucose-1-phosphate uridylyltransferase. Неспособность использовать галактозу. glnV Смотри supE. gyrA Мутация ДНК гиразы. Обеспечивает устойчивость к nalidixic acid. hflA Высокая частота лизогении. Приводит к повышенной частоте лизогении при инфекции фага лямбда. htpR Смотри rpoH. hsdM E. coli K I метилаза. Прекращается метилирование аденина в последовательности 5'-A(mA)CNNNNNNGTGC-3' или 5'-GC(mA)CNNNNNNGTT-3' (позиция N6). hsdR E. coli (или EcoK) рестриктаза. Мутация предотвращает разрезание неметилированных последовательностей 5'-A(mA)CNNNNNNGTGC-3' или 5'-GC(mA)CNNNNNNGTT-3' (позиция N6). hsdR17(r-, m+) Выключена система рестрикции, но работает система модификации. Можно клонировать неметилированную ДНК. После роста в таком штамме ДНК можно вводить в r+ E.coli. hsdS20(r-, m-) Выключены системы рестрикции и модификации. Можно клонировать неметилированную ДНК. После роста в таком штамме ДНК остаётся неметилированной. Kanr Устойчивость к канамицину. Ген kan (аминогликозид фосфотрансфераза - модифицирует антибиотик и предотвращает его взаимодействие с рибосомами). lacIq LacI - белок репрессор lac оперона. lacIq - мутация, приводящая к гиперэкспрессии этого белка и ингибированию транскрипции с lac промотора. lacY Мутация галактозид пермеазы. Неспособность использовать лактозу. lacZ Мутация ß-D-галактозидазы. Неспособность использовать лактозу. Клетки с lacZ мутацией образуют белые колонии в присутствии X-gal; клетки дикого типа - синие. lacZM15 (lacZ)M15 - частичная N-концевая делеция ß-D-галактозидазы обеспечивающая a-комплементацию с фрагментом, кодируемым фагемидами и плазмидами с сине/белой селекцией. NB! Часто встречаются ещё три варианта (lac): U169, X111, X74. Они делетируют весь lac оперон (X111 - кроме того, ещё и proAB). (DE3) В геном интегрирован бактериофаг лямбда, несущий ген T7 RNA полимеразы. leuB ß-изопропил малат дегидрогеназа. Для роста на минимальной среде необходим лейцин. (lon) Делеция lon протеазы (ответственна за деградацию аберрантных белков). Уменьшение протеолиза экспрессируемых эукариотических белков. NB! E.coli B не содержит Lon. malA Неспособность использовать мальтозу. malB malB область содержит гены malEFG и malK malB malM. (malB) делетирует большую часть или весь этот район и обеспечивает отсутствие экспрессии Maltose Binding Protein (MalE). mcrA Мутация рестриктазы. В мутантном штамме прекращается разрезание ДНК метилированной по последовательности 5'-G(mC)GC-3'. NB! mcrA исчезает вместе с e14. mcr и mrr локусы дикого типа понижают эффективность клонирования метилированных ДНК последовательностей из эукариот (но не D.melanogaster или S.cerevisiae) и некоторых бактерий. mcrBC Мутация рестриктазы. Прекращается разрезание ДНК метилированной по последовательности 5'-G(5mC)-3', 5'-G(5hmC)-3', или 5'-G(N4mC)-3'. NB! (mcrC-mrr) делетирует шесть генов: mcrC-mcrB-hsdS-hsdM-hsdR-mrr. mcr и mrr локусы дикого типа понижают эффективность клонирования метилированных ДНК последовательностей из эукариот (но не D.melanogaster или S.cerevisiae) и некоторых бактерий. metB Мутация cystathionine gamma-synthase. Для роста на минимальной среде требуется метионин. mrr Мутация рестриктазы. В мутантном штамме прекращается разрезание ДНК метилированной по последовательностям 5'-G(mA)C или 5'-C(mA)G. Мутация так же предотвращает McrF расщепление последовательностей с метилированным цитозином. mcr и mrr локусы дикого типа понижают эффективность клонирования метилированных ДНК последовательностей из эукариот (но не D.melanogaster или S.cerevisiae) и некоторых бактерий. mtl Нарушение катаболизма маннитола. Mu Mu профаг. Mud - означает, что профаг дефектный. mutS Нарушение системы мисматч-репарации. Предотвращается репарация новой, неметилированной ДНК. nupG Изменяется поглощение нуклеозидов. ompT Устранение мембранной протеазы OmpT. Уменьшение деградации экспрессируемых белков. P1 P1 профаг. Такие штаммы содержат систему рестрикции P1. P2 Штамм содержит лизоген фага P2. Фаги лямбда, содержащие гены red и gam не могут расти в P2 лизогене (Spi- селекция). prc Смотри tsp. proAB Для роста на минимальной среде требуется пролин. recA Центральный ген систем общей рекомбинации и репарации ДНК. Мутация нарушает общую рекомбинацию и делает клетки более чувствительными к UV облучению. Подавление рекомбинации в recA1 штамме полнее, чем в recA13. NB! Особенно необходима при работе с >50bp прямыми повторами. recB, recC Мутация Exonuclease V устраняющая экзонуклеазную и рекомбиназную активности. Мутации в recB или recC уменьшают на два порядка уровень общей рекомбинации (если штамм не sbcA или sbcB) и влияют на систему репарации ДНК. У recB, recC (особенно, если они sbcB, sbcC) улучшается стабильность инвертированных повторов. recD Мутация Exonuclease V устраняющая экзонуклеазную активность, но стимулирующая рекомбиназную. Инвертированные повторы в фаге лямбда могут поддерживаться в recD штамме. recF Нарушена межплазмидная рекомбинация. recJ Экзонуклеаза, вовлечённая в путь рекомбинации, отличный от recA. Вместе с recB обеспечивают RecA- фенотип. Вместе с sbcBС уменьшает перестройки Z-ДНК структур. Нарушена межплазмидная рекомбинация. relA Ослабленный фенотип. Мутация допускает синтез RNA в отсутствии синтеза белка. rpsL Мутация в белке S12 30S субъединицы риосомы. Мутация делает клетки устойчивыми к стрептомицину. Обозначается ещё и как strA. rpoH Отсутствие хит-шокового транскрипционного фактора. Предотвращается экспрессия некоторых стресс-индуцированных протеаз в дополнение к lon. Некоторые экспрессируемые белки более стабильны в rpoHam supCts штамме при высокой температуре. sbcBС Exonuclease I. Допускает общую рекомбинацию у recBC мутантов. Вместе с recJ уменьшает перестройки Z-ДНК структур. Smr Устойчивость к стрептомицину. Ген str (модифицирует антибиотик и предотвращает его взаимодействие с рибосомами). Spi- Обозначает red-gam- мутантные производные фага лямбда, которые способны расти на E.coli P2 лизогенах. strA Смотри rspL. supB, supC, supG, supL, supM, supN, supO Супрессоры охра (UAA) и амбер мутаций (UAG). Некоторые фаги требуют для роста эту мутацию. supB - glutamic acid, supC (сейчас называется tyrT) - тирозин. supD, supE, supF Супрессоры амбер мутации (UAG). Некоторые фаги требуют для роста эту мутацию. supD - серин, supE (сейчас называется glnV) - глутамин, supF (сейчас называется tyrT) - тирозин. Tetr Устойчивость к тетрациклину. Ген tet (модифицирует бактериальную мембрану и предотвращает проникновение антибиотика в клетку). thi-1 Для роста на минимальной среде требуется витамин B1 (тиамин). thr Для роста на минимальной среде требуется треонин. Tn10 Транспозон, который обычно содержит ген устойчивости к тетрациклину (Tetr). Tn5 Транспозон, который обычно содержит ген устойчивости к канамицину (Kanr). tonA Мутация внешнего мембранного белка. Устойчивость к бактериофагу T1. traD Мутация transfer factor. Предотвращает самоперенос F' эписомы. trpR Для роста на минимальной среде требуется триптофан. tsp Делеция, устраняющая периплазматическую протеазу которая может деградировать секретируемые (или цитоплазматические - после лизиса) белки. tsx Устойчивость к бактериофагу T6 и colicin K. tyrT Смотри supC, supF. umuC Компонент пути SOS репарации. Мутация гена уменьшает перестройки обратных повторов. uvrC Компонент системы UV репарации. Мутация гена уменьшает перестройки обратных повторов. xyl Неспособность использовать ксилозу. ung Мутация uracil N-glycosylase. Предотвращается устранение включённого в ДНК урацила (что приводит к сайту без основания). ф80 Клетки содержат лямбдоидный профаг ф80. Дефектный профаг ф80 несущий lacZM15 присутствует во многих штаммах.