Бактериальные штаммы для мол. клонирования.

Клонирование.

BMH71-18mutS

thi-1 supE (lac-proAB) [mutS::Tn10(Tet^R)] [F' proA⁺B⁺ lacI^qZM15]
Источник штамма: Promega
Чашка: LB+Tet
Жидкая культура: LB+Tet


Штамм для проведения мутагенеза. mutS инактивирует способность репарировать вновь синтезированную неметилированную цепь DNA. Работает сине-белый тест. Штамм recA⁺, поэтому последовательности, содержащие повторы могут быть нестабильны. Система рестрикции сохранена, поэтому DNA, используемая для мутагенеза, должна быть изолирована из штамма с активной системой модификации. Например, нельзя использовать HB101 или NM522 штаммы (modification minus) или BL21 (E. coli B штамм).




CJ236

E.coli K12 F' cat(pCJ105=pOX38::cat=F(HindIII)::cat[Tra+ Pil+ Cam^R] / ung-1 relA1 dut-1 thi-1 spoT1
Источник штамма: NEB
Чашка: LB + хлорамфеникол (15µg/ml)
Жидкая культура: LB (для жидкой культуры лучше не использовать хлорамфеникол)


Производная BW313 спонтанно утратившая F' с введённой pCJ105=pOX38 M13^sCm^R конструкцией. Используется для приготовления урацил-содержащих конструкций для мутагенеза.
CJ236 - не суппрессирующий штамм. Нельзя использовать вектора с амбер мутациями (M13mp8,9, некоторые 10 и 11).




DH10B

F^- mcrA (mrr-hsdRMS-mcrBC) ф80d lacZM15 lacX74 deoR recA1 endA1 araD139 (ara-leu)7697 galU galK rpsL nupG ^-
Источник штамма: Life Technologies
Чашка: LB
Жидкая культура: LB


Штамм для повседневного клонирования. Работает сине-белая селекция. Нельзя использовать для одноцепочечных фагов. Полностью выключена система рестрикции. Можно использовать для клонирования метилированной ДНК.




DH12S

ф80d lacZM15 mcrA (mrr-hsdRMS-mcrBC) araD139 (ara, leu)7679 lacX74 galU galK rpsL deoR nupG recA1 / F' proA⁺B⁺ lacI^qZM15
Источник штамма: Life Technologies
Чашка: LB
Жидкая культура: LB


Производная DH10B. Штамм для повседневного клонирования. Можно использовать для фагемид и M13 векторов. Полностью выключена система рестрикции. Можно использовать для клонирования метилированной ДНК.




HB101

F^- ara14 galK2 hsdS20(r_B- m_B-) lacY1 leuB6 mtl-1 proA2 recA13 rpsL20(Str^R) supE44,9,14 thi-1 xyl-5 (mcrC-mrr)
Источник штамма: Promega
Чашка: LB
Жидкая культура: LB


Гибрид E.coli K12 и E.coli B(локусы hsd, mcrB, mrr). Выращивание плазмид. Нельзя использовать для одноцепочечных f1 бактериофагов. Сине-белый тест не работает.




INVaF'

F' endA1 recA1 hsdR17 (r_K-, m_K+) supE44 thi-1 gyrA96 relA1 ф80 lacZM15 (lacZYA-argF)U169 ^-
Источник штамма: Invitrogen
Чашка: LB
Жидкая культура: LB


Приготовление плазмидной ДНК, отсутствие эндонуклеазы улучшает качество, сине-белая селекция без добавления IPTG. Выращивание одноцепочечных f1 бактериофов. Конститутивная экспрессия белков с trc или lac промотора.




JM109

e14- (McrA-) recA1 endA1 gyrA96 thi-1 hsdR17(r_K- m_K+) supE44 relA1 (lac-proAB) [F' traD36 proAB lacI^qZM15]
Источник штамма: Promega
Чашка: минимальная M9 среда с 1mM тиамином (для селекции против бактерий утративших F' фактор).
Жидкая культура: M9 среда с 1mM тиамином


Штамм для выращивания плазмид и одноцепочечных f1 бактериофагов. Сине-белый тест. Суппрессирует многие амбер мутации если доступен глутамин, но не S₁₀ или S₇ мутации фага (например, gt11).




KW251

supE44 galK2 galT22 metB1 hsdR2 mcrB1 mcrA [argA81::Tn10] recD1014
Источник штамма: Promega
Чашка: LB+Tet(12.5µg/ml)
Жидкая культура: LB+Tet(10µg/ml)


Пермиссивный штамм, используемый как альтернатива LE392 для клонирования геномной ДНК. Отсутствует система рестрикции E.coli K. Штамм recD- (некоторые клоны плохо растут на rec+ хозяевах NM538, NM539 and LE392). mcrA- и mcrB- позволяют клонировать цитозин-метилированную ДНК.




LE392

hsdR574(r_K- m_K+) supE44 supF58 lacY1 or (lacIZY)6 galK2 galT22 metB1 trpR55
Источник штамма: Promega
Чашка: LB
Жидкая культура: LB


Основной штамм для работы с бактериофагом лямбда (обычно титр фага выше, чем у Y1090). Производная штамма ED8654. Супрессорный штамм для роста некоторых -векторов. Используется для клонирования геномной и кДНК. Отсутствует система рестрикции E.coli K. Не осуществляет селекцию против фагов без вставки. Не работает сине-белый тест.




LE392(P2)

hsdR574(r_K- m_K+) supE44 supF58 lacY1 or (lacIZY)6 galK2 galT22 metB1 trpR55 (P2)
Источник штамма: Promega
Чашка: LB
Жидкая культура: LB


Супрессорный штамм для роста некоторых -векторов. Используется для клонирования геномной и кДНК. Отсутствует система рестрикции E.coli K. Не работает сине-белый тест. Штамм содержит лизоген фага P2. Фаги , содержащие гены red и gam не могут расти в P2 лизогене (Spi - sensitive to P2 interference - селекция).




NM514

hsdR514(r_K- m_K-) argH galE galX lycB7 strA (Hfl⁺) (пo Stratagene)
Источник штамма: Amersham
Чашка: LB
Жидкая культура: LB



NM522

supE thi-1 (lac-proAB) (mcrB-hsdSM)5 (r_K- m_K-) [F' proAB lacI^qZM15]
Источник штамма: Stratagene
Чашка: минимальная M9 среда с 1mM тиамином (для селекции против бактерий утративших F' фактор).
Жидкая культура: LB


Штамм для выращивания плазмид и одноцепочечных f1 бактериофагов. Сине-белый тест. Суппрессирует многие амбер мутации если доступен глутамин, но не S₁₀ или S₇ мутации фага (например, gt11).




NM538

supF hsdR(r_K- m_K-) trpR lacY
Источник штамма: Promega
Чашка: LB
Жидкая культура: LB


Супрессорный штамм для роста некоторых -векторов. Пермиссивный штамм, используемый как альтернатива NM539 для клонирования геномной ДНК. Отсутствует система рестрикции E.coli K. Недостаток NM538/NM539 штаммов то, что для Spi - sensitive to P2 interference -селекции требуется использовать recBC+ хозяина, что приводит к опасности перестроек клонируемой ДНК. Ещё одно неудобство: при использовании этого штамма бляшки получаются мельче.




NM539

supF hsdR(r_K- m_K-) lacY (P2)
Источник штамма: Promega
Чашка: LB
Жидкая культура: LB


Супрессорный штамм для роста некоторых -векторов. Непермиссивный штамм, используемый как альтернатива NM538 для клонирования геномной ДНК. Отсутствует система рестрикции E.coli K. Штамм содержит лизоген фага P2. Фаги , содержащие гены red и gam не могут расти в P2 лизогене (Spi - sensitive to P2 interference - селекция). Недостаток NM538/NM539 штаммов то, что для Spi селекции требуется использовать recBC+ хозяина, что приводит к опасности перестроек клонируемой ДНК. Ещё одно неудобство: при использовании этого штамма бляшки получаются мельче.




P2392

LE392 (P2 lysogen)
hsdR574(r_K- m_K+) supE44 supF58 lacY1 or (lacIZY)6 galK2 galT22 metB1 trpR55 (P2)
Источник штамма: Stratagene
Чашка: LB
Жидкая культура: LB


Супрессорный штамм для роста некоторых -векторов. Используется для клонирования геномной и кДНК. Отсутствует система рестрикции E.coli K. Не работает сине-белый тест. Штамм содержит лизоген фага P2. Фаги , содержащие гены red и gam не могут расти в P2 лизогене (Spi - sensitive to P2 interference - селекция).




Q359

Q358 (P2 lysogen);
(Q358: hsdR supE ф80)
Источник штамма: Stratagene
Чашка:
Жидкая культура:


Супрессорный штамм для роста некоторых -векторов. Используется для клонирования геномной и кДНК. Не работает сине-белый тест. Штамм содержит лизоген фага P2. Фаги , содержащие гены red и gam не могут расти в P2 лизогене (Spi - sensitive to P2 interference - селекция).




SCS110

rpsL(Str^R) thr leu endA thi-1 lacY galK galT ara tonA tsx dam dcm supE44 (lac-proAB) [F' traD36 proAB lacI^qZM15]
Источник штамма: Stratagene
Чашка: Минимальная среда M9 со следующими аминокислотами (threonine, leucine, valine, isoleucine 50 µg/ml)
Жидкая культура: LB


endA- производная JM110. Для получения неметилированных плазмид и фагемид (dam, dcm). Работает сине-белый тест. Обычно требуются, когда надо использовать рестриктазы, чувствительные к метилированию. Инактивирована эндонуклеаза I (endA) которая неспецифически никует двухцепочечную DNA.




SOLR

e14-(McrA-) (mcrCB-hsdSMR-mrr)171 sbcC recB recJ uvrC umuC::Tn5(Kan^R) lac gyrA96 relA1 thi-1 endA1 ^R [F' proAB lacI^qZM15] Su^-(nonsupressing)
Источник штамма: Stratagene
Чашка: LB+Kan(50µg/ml)
Жидкая культура: LB Kan(50µg/ml)


Штамм для in vivo выщепления фагемид из фага лямбда. recB recJ - снижение гомологической рекомбинации до уровня recA-.




SRB

e14-(McrA-) (mcrCB-hsdSMR-mrr)171 sbcC recJ uvrC umuC::Tn5(Kan^R) supE44 lac gyrA96 relA1 thi-1 endA1 [F' proAB lacI^qZM15]
Источник штамма: Stratagene
Чашка:
Жидкая культура:


Супрессорный штамм для роста некоторых -векторов. Пермиссивный штамм, используемый как альтернатива SRB(P2) для клонирования геномной ДНК. Полностью отсутствует система рестрикции E.coli K. Недостаток SRB штаммов то, что для Spi - sensitive to P2 interference - селекции требуется использовать recBC+ хозяина, что приводит к опасности перестроек клонируемой ДНК




SRB (P2)

SRB (P2 lysogen)
e14-(McrA-) (mcrCB-hsdSMR-mrr)171 sbcC recJ uvrC umuC::Tn5(Kan^R) supE44 lac gyrA96 relA1 thi-1 endA1 [F' proAB lacI^qZM15] (P2)
Источник штамма: Stratagene
Чашка:
Жидкая культура:


Супрессорный штамм для роста некоторых -векторов. Не пермиссивный штамм, используемый как альтернатива SRB для клонирования геномной ДНК. Полностью отсутствует система рестрикции E.coli K. Недостаток SRB штаммов то, что для Spi - sensitive to P2 interference - селекции требуется использовать recBC+ хозяина, что приводит к опасности перестроек клонируемой ДНК.




SURE

e14-(McrA-) (mcrCB-hsdSMR-mrr)171 endA1 supE44 thi-1 gyrA96 relA1 lac recB recJ sbcC umuC::Tn5(Kan^R) uvrC [F' proAB lacI^qZM15 Tn10(Tet^R)]
Источник штамма: Stratagene
Чашка: LB+Kan+Tet(12.5µg/ml)
Жидкая культура: LB+Kan+Tet(12.5µg/ml)


Клонирование последовательностей, содержащих Z-DNA или повторы (прямые или инвертированные). Устранена система репарации UV-повреждений. recJ sbcC - повышение стабильности Z-DNA. recB recJ - снижение гомологической рекомбинации до уровня recA-. Приготовление плазмидной ДНК, выращивание одноцепочечных f1 бактериофагов. Работает сине-белый тест. Можно использовать как штамм общего назначения, но для космид лучше использовать XL1-Blue MR клетки.
Для образования бляшек фага лямбда нужно инкубировать чашку при 39^оС.




TG-1

supE thi-1 (lac-proAB) (mcrB-hsdSM)5(r_K- m_K-) [F' traD36 proAB lacI^qZM15] Источник штамма:
Чашка: LB
Жидкая культура: LB


Приготовление плазмидной ДНК, выращивание одноцепочечных f1 бактериофагов. Работает сине-белый тест. У Stratagene используется для получения лучших электрокомпетентных клеток.




TOP10F'

F' [lacI^q Tn10(Tet^R)] mcrA (mrr-hsdRMS-mcrBC) ф80 lacZM15 lacX74 deoR recA1 araD139 (ara, leu)7697 galU galK rpsL (Str^R) endA1 nupG
Источник штамма: Invitrogen
Чашка: LB, Tet
Жидкая культура: LB, Tet


Плазмиды (отсутствие эндонуклеазы улучшает качество), сине-белая селекция, одноцепочечные фаги.




XL1-Blue

recA1 endA1 gyrA96 thi-1 hsdR17 supE44 relA1 lac [F' proAB lacI^qZM15 Tn10(Tet^R)]
Источник штамма: Stratagene
Чашка: LB+Tet(12.5µg/ml)
Жидкая культура: LB+Tet(12.5µg/ml)


Штамм для повседневного клонирования. Сине-белый тест. Частично инактивирована система рестрикции. Выращивание плазмид и фагемид. F' эписома маркирована геном устойчивости к тетрациклину. Однако, не стоит добавлять тетрациклин в жидкую культуру для выделения плазмиды - он вызывает какие-то проблемы с клеточной стенкой бактерий и они слипаются при осаждении центрифугированием. В целом, хороший и удобный штамм.




XL1-Blue (MRA)

(mcrA)183 (mcrCB-hsdSMR-mrr)173 endA1 supE44 thi-1 gyrA96 relA1 lac
Источник штамма: Stratagene
Чашка: LB
Жидкая культура: LB


MR - minus restriction. (mcrCB-hsdSMR-mrr)173 - делеция всех систем рестрикции E.coli K12. Клонирование метилированной ДНК.




XL1-Blue MRA (P2)

(mcrA)183 (mcrCB-hsdSMR-mrr)173 endA1 supE44 thi-1 gyrA96 relA1 lac (P2)
Источник штамма: Stratagene
Чашка: LB
Жидкая культура: LB


MR - minus restriction.




XL1-Blue MRF'

(mcrA)183 (mcrCB-hsdSMR-mrr)173 endA1 supE44 thi-1 recA1 gyrA96 relA1 lac [F' proAB lacI^qZM15 Tn10(Tet^R)]
Источник штамма: Stratagene
Чашка: LB+Tet(12.5µg/ml)
Жидкая культура: LB+Tet(12.5µg/ml)


MR - minus restriction. Штамм для клонирования метилированной ДНК. (mcrCB-hsdSMR-mrr)173 - делеция всех систем рестрикции E.coli K12. Сине-белый тест. Выращивание плазмид и фагемид. F' эписома маркирована геном устойчивости к тетрациклину.




XL2-Blue

recA1 endA1 gyr96 thi-1 hsdR17 supE44 relA1 lac [F' proAB lacI^qZM15 Tn10(Tet^R) Amy Cam^R]
Источник штамма: Stratagene
Чашка: LB+Tet(12.5µg/ml)+хлорамфеникол
Жидкая культура: LB+Tet(12.5µg/ml)+хлорамфеникол


Штамм для повседневного клонирования. Сине-белый тест. Выращивание плазмид и фагемид. F' эписома маркирована геном устойчивости к тетрациклину. Однако, не стоит добавлять тетрациклин в жидкую культуру для выделения плазмиды - он вызывает какие-то проблемы с клеточной стенкой бактерий и они слипаются при осаждении центрифугированием. Якобы содержит мутацию, повышающую компетентность клеток.




Y1088

e14-(McrA-) (lac)U169 supE supF hsdR metB trpR tonA21 proC::Tn5(Kan^R) [pMC9 Amp^R Tet^R] (pMC9=pBR322 with lacI^q)
Источник штамма: Stratagene
Чашка: LB+Amp(20µg/ml)
Жидкая культура: LB+Amp(20µg/ml)


Хозяин для амплификации gt11 библиотек.




Y1089

(lac)U169 (lon)? araD139 strA hflA150::Tn10(Tet^R) [pMC9 Amp^R Tet^R] (pMC9=pBR322 with lacI^q)
Источник штамма: Stratagene
Чашка: LB+Amp(20µg/ml)+Tet(12.5µg/ml)
Жидкая культура: LB+Amp(20µg/ml)+Tet(10µg/ml)


Хозяин для получения препаративных количеств рекомбинантных составных белков. hflA150 обеспечивает высокую частоту лизогении. Делеция lon протеазы иногда стабилизирует рекомбинантные белки. pMC9 помогает уменьшить неиндуцированную экспрессию. Работает сине-белый тест.




Y1089r-

(lac)U169 (lon)? araD139 strA mcrB hflA150::Tn10(Tet^R) [pMC9 Amp^R Tet^R] (pMC9=pBR322 with lacI^q)
Источник штамма: Stratagene
Чашка: LB+Amp(20µg/ml)+Tet(12.5µg/ml)
Жидкая культура: LB+Amp(20µg/ml)+Tet(10µg/ml)


Производная Y1089 с инактивированной системой рестрикции (mcrB). Хозяин для получения препаративных количеств рекомбинантных составных белков. hflA150 обеспечивает высокую частоту лизогении. Делеция lon протеазы иногда стабилизирует рекомбинантные белки. pMC9 помогает уменьшить неиндуцированную экспрессию. Работает сине-белый тест.




Y1090

(lac)U169 (lon)? araD139 strA supF mcrA trpC22::Tn10(Tet^R) [pMC9 Amp^R Tet^R] (pMC9=pBR322 with lacI^q)
Источник штамма: Stratagene
Чашка: LB+Amp(20µg/ml)
Жидкая культура: LB+Amp(20µg/ml)


Хозяин для скрининга gt11 лизогенов (экспрессия, перенос колоний, скрининг антителами). Делеция lon протеазы иногда стабилизирует рекомбинантные белки. supF суппрессирует дефектный лизис gt11 приводя к высокой частоте литических циклов. pMC9 помогает уменьшить неиндуцированную экспрессию. Работает сине-белый тест.




Y1090r-

Y1090 mcrB hsdR
(lac)U169 (lon)? araD139 strA supF mcrA trpC22::Tn10(Tet^R) [pMC9 Amp^R Tet^R] (pMC9=pBR322 with lacI^q) mcrB hsdR
Источник штамма: Stratagene
Чашка: LB+Amp(20µg/ml)
Жидкая культура: LB+Amp(20µg/ml)


Производная Y1090 с инактивированной системой рестрикции (mcrB hsdR). Хозяин для скрининга gt11 лизогенов (экспрессия, перенос колоний, скрининг антителами). Делеция lon протеазы иногда стабилизирует рекомбинантные белки. supF суппрессирует дефектный лизис gt11 приводя к высокой частоте литических циклов. pMC9 помогает уменьшить неиндуцированную экспрессию. Работает сине-белый тест.




Экспрессия белка.

BL21

E.coli B F^- dcm ompT hsdS(r_B- m_B-) gal
Источник штамма: Stratagene
Чашка: LB
Жидкая культура: LB


Отсутствие lon и ompT протеаз для предотвращения расщепления рекомбинантного белка. В случае T7-экспрессирующих систем для индукции приходится использовать инфекцию фагом CE6.




BL21(DE3)

E.coli B F^- dcm ompT hsdS(r_B- m_B-) gal (DE3)
Источник штамма: Stratagene
Чашка: LB
Жидкая культура: LB


Производная BL21. Штамм лизогенен по DE3, который содержит ген T7 RNA pol. под контролем lacUV5 промотора (индукторы - IPTG, галактоза; репрессор - глюкоза). Обычно используемый штамм для экспрессии белков в T7 системе.




BL21(DE3)pLysS

E.coli B F^- ompT hsdS(r_B- m_B-) gal dcm (DE3) [pLysS Cam^R]
Источник штамма: Stratagene
Чашка: LB+хлорамфеникол(35µg/ml)
Жидкая культура: LB+хлорамфеникол(35µg/ml)


Производная BL21(DE3), содержащая pLysS плазмиду. pLys кодирует Т7 lysozyme - естественный ингибитор T7 RNA pol. Штамм позволяет более строго контролировать экспрессию белков под Т7-pol. промотором. При индукции IPTG сильный lacUV5 промотор преодолевает репрессию. Cam^R - хлорамфеникол устойчивость <40µg/ml, но чуствительность >100µg/ml.




BL21(DE3)pLysE

E.coli B F^- ompT hsdSB(r_B- m_B-) gal dcm (DE3) pLysE(Cam^R)
Источник штамма: Novagene
Чашка: LB+хлорамфеникол(35µg/ml)
Жидкая культура: LB+хлорамфеникол(35µg/ml)


Производная BL21(DE3), содержащая pLysE плазмиду. pLysE плазмида кодирует Т7 lysozyme-естественный ингибитор T7 RNA pol. Штамм позволяет более строго, чем BL21(DE3)pLysS контролировать экспрессию белков под Т7-pol. промотором (так как pLysE плазмида экспрессирует Т7 lysozyme на более высоком уровне, чем pLysS). Cam^R - хлорамфеникол устойчивость <40µg/ml, но чуствительность >100µg/ml.




BRL

E.coli B F^- ompT hsdSB(r_B- m_B-) gal dcm (srl-recA)306::Tn10(Tet^R)
Источник штамма: Novagene
Чашка: LB/Tet
Жидкая культура: LB/tet


recA- производная штамма BL21. Уменьшается вероятность перестройки клонируемой ДНК. Отсутствие lon и ompT протеаз для предотвращения расщепления рекомбинантного белка. В случае T7-экспрессирующих систем для индукции приходится использовать инфекцию фагом CE6.




M15[pREP4]

E.coli K12 (nal^s str^s rif^s lac^- ara^- gal^- mtl^- F'^- recA⁺, uvr⁺ lon⁺) pREP4 - kanamycin resistance 25µg/ml
Источник штамма: Qiagen
Чашка: LB+канамицин(25µg/ml)
Жидкая культура: LB+канамицин(25µg/ml)


pREP4 - экспрессия lac-репрессора. Никакими особенно хорошими свойствами не обладает. pREP4 плазмиду можно перекинуть в любой другой штамм. pREP4 содержит p15A origin of replication и совместима с векторами на основе ColE1 origin.




SCS1

recA1 endA1 gyr96 thi-1 hsdR17(r_K- m_K+) supE44 relA1
Источник штамма: Stratagene
Чашка:
Жидкая культура:



SG13009[pREP4]

E.coli K12 (nal^s str^s rif^s lac^- ara^- gal^- mtl^- F'^- recA⁺, uvr⁺ lon⁺) pREP4 - kanamycin resistance 25µg/ml
Источник штамма: Qiagen
Чашка: LB+канамицин(25µg/ml)
Жидкая культура: LB+канамицин(25µg/ml)


pREP4 - экспрессия lac-репрессора. Никакими особенно хорошими свойствами не обладает. pREP4 плазмиду можно перекинуть в любой другой штамм. pREP4 содержит p15A origin of replication и совместима с векторами на основе ColE1 origin.

"Практическая Молекулярная Биология" http://molbiol.edu.ru
e-mail: pmb@molbiol.edu.ru