Практическая Молекулярная Биология - главная страница.
 > Растворы > Однокомпонентные растворы.

Однокомпонентные растворы.


Главная.
Новости.
О проекте.
Справочник.
Рестриктазы.
Методы.
Растворы.
Расчёты.
Обзоры.
Обучение.
Ссылки.
Скачать сайт.
English version English version

Образовательные
ресурсы.

Органические вещества.
pKa и температурная зависимость pH для обычно используемых буферов.
ATP 0.1M
Betaine 5M
Cresol red 50mM
DTT 1M, 2.2M
dNTP’s 100mM
EDTA 0.5M
EtBr 10mg/ml
Gelatin 2%
Glucose 1; 1.5; 2M
Guanidine HCl 1-8M
HEPES 1M
Imidazol 2M
Paraformaldehyde 37%
PEG 40%
PMSF 100mM
Retinoic acid 10mM
Sucrose 1; 2; 2.5M
Tris Cl 1M
Зависимость pH от температуры для Tris Cl.
Tricine 1M
Triethanolamine 1M
Urea 1-10M
Щелочи и кислоты.
Общая таблица.
NaOH 10M, 1M
KOH 5M
ТХУ 100%
Детергенты.
N-Lauroylsarcosine Na 10%
SDS 10%
Органические растворители.
Фенол
EtOH
Приготовление 100% EtOH.
Плотности некоторых растворов можно посмотреть в документе "Плотности растворов кислот, оснований и органических веществ".

 
 
 
 
    Инструкция по работе с прописями растворов откроется в новом окне при нажатии на эту кнопку:


    Органические вещества.

    pKa и температурная зависимость pH для обычно используемых буферов.

    БуферMwpKa
    20oC    		Рабочий
    диапазон    		delta pKa
    на 10oC
    MES
    2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid    		195.26.155.5-6.7-0.110
    Bis-Tris
    bis(2-hydroxyethyl)iminotris(hydroxymethyl)methane    		209.26.55.8-7.2 
    ADA
    N-(2-acetamido)-2-imidoacetic acid    		190.26.606.0-7.2-0.110
    PIPES
    piperasine-N,N'-bis(2-ethanesulfonic acid)    		302.46.806.1-7.5-0.085
    ACES
    2-[(2-amino-2-oxoethyl)amino]ethanesulfonic acid    		182.26.906.1-7.5-0.200
    MOPSO
    3-(N-morpholino)-2-hydroxypropanesulfonic acid    		225.36.96.2-7.6 
    Bis-Tris Propane
    1,3-bis[tris(hydroxymethyl)methylamino]propane    		282.36.8*6.3-9.5 
    BES
    N,N-bis(2-hydroxyethyl)-2-aminoethanesulfonic acid    		213.27.156.4-7.8-0.160
    MOPS
    3-(N-morpholino)propanesulfonic acid    		209.37.206.5-7.9-0.013
    TES
    N-tris(hydroxymethyl)methyl-2-aminoethanesulfonic acid    		229.27.506.8-8.2-0.200
    HEPES
    N-(2-hydroxyethyl)piperazine-N'-(2-ethanesulfonic acid)    		238.37.556.8-8.2-0.140
    DIPSO
    3-[N,N-bis(2-hydroxyethyl)amino]-2-hydroxyprpanesulfonic acid    		243.37.67.0-8.2 
    TAPSO
    3-[N-tris(hydroxymethyl)methylamino]-2-hydroxypropanesulfonic acid    		259.37.67.0-8.2 
    HEPPSO
    N-(2-hydroxyethyl)piperazine-N'-(2-hydroxypropanesulfonic acid)    		268.37.87.1-8.5 
    POPSO
    piperazine-N,N'-bis(2-hydroxypropanesulfonic acid)    		362.47.87.2-8.5 
    TEA
    triethanolamine    		149.27.87.3-8.3 
    EPPS
    N-(2-hydroxyethyl)piperazine-N'-(3-propanesulfonic acid)    		252.38.07.3-8.7 
    Tricine
    N-tris(hydroxymethyl)methylglycine    		179.28.157.4-8.8-0.210
    Tris (TRIZMA)
    tris(hydroxymethyl)aminomethane    		121.18.307.0-9.1-0.310
    Bicine
    N,N-bis(2-hydroxyethyl)glycine    		163.28.357.6-9.0-0.180
    TAPS
    N-tris(hydroxymethyl)methyl-3-aminopropanesulfonic acid    		243.38.47.7-9.1 
    Glycylglycine 8.40 -0.280
    AMPSO
    3-[(1,1-dimethyl-2-hydroxyethyl)amino]-2-hydroxypropanesulfonic acid    		227.39.08.3-9.7 
    CHES
    1-(N-cyclohexylamino)ethanesulfonic acid    		207.39.38.6-10.0 
    CAPSO
    3-(cyclohexylamino)-2-hydroxy-1-propanesulfonic acid    		237.39.68.9-10.3 
    AMP
    2-amino-2-methyl-1-propanol    		89.19.79.0-10.5 
    CAPS
    3-(cyclohexylamino)-1-propanesulfonic acid    		221.310.49.7-11.1 

    * pKa=9.0 для второй стадии диссоциации.

    ATP

    C10H14N5O13P3Na2 Mw=551.1 g/M; (хранить при -20oС).

    Конц.Сток1ml
    ATP0.1M551.1g/M55.1mg
    H2O mQ  

    Непроверенная информация 0.1M ATP (pH 7.2): 5.71% (w/w) ATP, 84.86% (w/w) H2O, 9.43% (w/w) 2M Tris base.

  • доводить до pH 7.5 2M NaOH (~70-80µl);
  • довести до объема ~700µl, развести в 2000 раз (финальное разведение, которое окажется в кювете), померить оптическую плотность:

    • С[M]=A259/15.4x103=A259 1:2000x0.130

    Betaine

    monohydrate C5H11NO2xH2O; Mw=135.2g/M; (хранить при 4oС).

    Конц.Сток%(w/w)100ml200ml700ml
    Betaine135.2g/M5M63.0067.6g135.2g473.2g
    H2O mQ37.0039.74ml79.49ml278.2ml

    p~1.073g/ml

    Cresol red

    50mM (хранить при +4, -20oС):

    Конц.Сток1ml50ml
    cresol red50mM404.4g/M20.2mg1.01g
    H2O mQ   
  • Очень удобный краситель, в концентрации ~0.2mM совместим с рестрикцией, PCR, сиквенсом, а также может быть использован как цветной маркер для электрофореза.
  • Цвет красителя зависит от рН (красный при рН >7.5). Как цветовой индикатор может быть использован при денатурации двухцепочечной DNA для сиквенса, при выделении DNA из агарозного геля на silica-носителе.

    • DTT

    C4H10O2S2 Mw=154.2g/M; (хранить при -20oС).

    Конц.Сток%(w/w)1ml5ml10ml20ml
    DTT154.2g/M1M14.550.155g0.773g1.55g3.09g
    H2O mQ85.45905 µl4.53ml9.05ml18ml

    p~1.06g/ml

    Конц.Сток1ml5ml10ml20ml
    DTT154.2g/M2.2M0.339g1.696g3.394g6.787g
    H2O mQ     
  • стерилизовать фильтрованием;
  • нельзя обрабатывать DEPC;
  • почему-то многие руководства (не исключено, что вслед за "Маниатисом") рекомендуют готовить в 10mM AcNa, pH 5.2.

    • Приготовление dNTP’s.

    Быстрый протокол приготовления ~100mM стока.

    1. объединить все четыре dNTP’s (по 250mg) и растворить в 3.676ml H2O;
    2. + 424µl 5M NaOH;
    3. проверить рН, капнув ~0.5µl на рН-бумажку.

    Аккуратный (правильный) протокол приготовления 100mM стоков.

    1. добавить необходимое количество H2O и Tris base 1M (смотри таблицу; при этом можно полагать, что объём, занятый солью ~150µl);
      2.   

      Mw

      		V(H2O)V(Tris base 1M)V(final)
      dATPC10H14N5O12P3Na2x3H2O589.23.24ml850 µl4.24ml
      dGTPC10H13N5O13P3Na3x2H2O609.23.55ml400 µl4.10ml
      dCTPC9H13N3O13P3Na3x2H2O569.13.44ml800 µl4.39ml
      dTTPC10H14N2O14P3Na3x2H2O584.13.73ml400 µl4.28ml
    2. проверить рН, капнув ~0.5µl на рН-бумажку;
    3. спектрофотометрически проверить качество и концентрацию (удобно использовать финальное разведение 1:5000 (~20µM). При этом показания спектрофотометра оказываются в районе Am~0.3, а концентрация:
      с[mM]=k1:5000xAm).

    Качество:

    dATP
    pH 7.0    		A250/A260=0.80+0.03
    A280/A260=0.12+0.02    		dCTP
    pH 2.0(!)    		A250/A260=0.45+0.03
    A280/A260=2.10+0.15
    A290/A260=1.60+0.10
    dGTP
    pH 7.5    		A250/A260=1.18+0.04
    A280/A260=0.67+0.03
    A290/A260=0.28+0.03    		dTTP
    pH 7.5    		A250/A260=0.65+0.03
    A280/A260=0.73+0.03

    Концентрация:

     MwAmpHEk (для 1:5000)
    dATP[Na2]589.22597.015.2x103328.9
    dGTP[Na3]609.22537.513.7x103365.0
    dCTP[Na3]569.12802.0 (!!!)13.0x103384.6
    dTTP[Na3]584.12677.59.6x103520.8
          
    ATP [Na4]595.1259 15.4x103 
    CTP [Na4]571.1280 13.0x103 
    GTP [Na4]611.1252 13.7x103 
    UTP [Na4]572.1262 10.2x103 

    Концентрация: c[М]=Amax/E; Amax = адсорбция на максимуме поглощения.

    EDTA

    C10H14O8N2Na2x2H2O; Mw=372.3g/M; pH = 8.0 (хранить при 4oС).

    Конц.Сток%(w/w)50 ml100 ml150 ml250 ml
    EDTA0.5 M372.3g/M16.989.31g18.62g27.92g46.55g
    NaOH~0.5 M40g/M1.821.014g2.028g3.042g5.07g
    H2O mQ81.1944.48ml88.95ml133.4ml222.4ml
    Конц.Сток10 ml50 ml100 ml150 ml250 ml
    EDTA0.5 M372.3g/M1.86g9.31g18.62g27.92g46.55g
    NaOH~0.5 M10M 507µl
    0.674g    		2.535ml
    3.37g    		5.07ml
    6.74g    		7.61ml
    10.11g    		12.68ml
    16.85g
    H2O mQ8.42ml42.12ml84.24ml126.4ml210.6ml

    p~1.096g/ml

  • EDTA не растворяется в H2O, при кислом pH. При растворении нужно добавлять понемногу щелочь и контролировать pH.
  • Нельзя обрабатывать DEPC.

    • EtBr

    Ethidium bromide, C21H20N3Br; Mw=394.3g/M; (хранить при NT в темноте);

    Конц.5ml10ml50ml
    EtBr10mg/ml50mg100mg500mg
  • растворим в Н2O, EtOH, хлороформе;
  • По поводу канцерогенности EtBr. В единственном источнике с цифрами, который был в наших руках, написано, что в тесте на мутагенность (проводится на бактериях) 90µg EtBr приводили к такому же результату, как концентрат дыма от одной сигареты.

    • Gelatin

    (хранить при 4oС).

    Конц.Сток10ml50ml100ml
    Gelatin2%тв.0.2g1.0g2.0g
    H2O mQ    
  • Стерилизовать автоклавированием.

    • Glucose

    Глюкоза, C6H12O6xH2O, Mw=198.17g/M;
    Конц.Сток%(w/w)50ml100ml250ml
    Glucose2M198.17g/M34.97219.82g39.63g99.09g
    H2O mQ65.02836.85ml73.70ml184.24ml
    1000ml/
    198.17g/M1M1.5M2M
    Glucose [g]198.17
    		297.255
    		396.34
    H2O [ml]868.23
    		802.745
    		736.96
    %(w/w)18.58327.02334.972
    H2O %(w/w)81.41772.97765.028
    p (g/ml) 20oC1.06641.11.1333

    Guanidine HCl (GuHCl)

    CH5N3xHCl, Mw=95.53g/M

    Молярность; 1000ml /
    12345678
    GuHCl95.53g
    		191.06g
    		286.59g
    		382.12g
    		477.65g
    		573.18g
    		668.71g
    		764.24g
    H2O (mQ)924.2ml
    		854ml
    		783.7ml
    		711.7ml
    		639.8ml
    		567.2ml
    		494.3ml
    		420.7ml
    GuHCl %(w/w)9.3718.2826.7834.9342.7550.2657.5064.50
    H2O %(w/w)90.6381.7273.2265.0757.2549.7442.5035.50
    p (g/ml)1.0201.0451.0701.0941.1171.1401.1631.185
  • растворимость: при 25oС -> 8.54M, 5oС->>8M;
  • A260(6M в H2O)<0.03;
  • при расчётах можно принять "частичную плотность guanidine HCl" за 0.763.

    HEPES

    Конц.Сток%(w/w)1L

    C8H18N2O4S

    		1M238.3g/M22.40238.3g
    H2O mQ77.60825.7ml

    p=1.064

    Приготовление 1M HEPES с различным pH

    Нужный pHKOH, 5M
    [1000ml]
    5.250ml0ml
    5.350.5ml
    5.753.5ml
    6.037ml
    6.2412ml
    6.5922ml
    6.7132ml
    6.8845ml
    7.0050ml
    7.1060ml
    7.2580ml
    7.3792.5ml

    Imidazol

    C3H4N2, (хранить при 4oС):

    Конц.Сток50ml100ml
    Imidazole2M68.1g/M6.81g13.62g
    H2O mQ   

    Paraformaldehyde

    ПФА (параформальдегид) 37% (свежеприготовленный для иммуногистохимии).

    1. в пробирке с завинчивающейся крышкой смешать:

    ПФА (тв.) => 0.37g,
    H2O => 1.0ml
    NaOH (1N) => 14µl;

    2. растворить в кипящей водяной бане (кипятить до тех пор, пока pH не опуститься до ~7.0 =>~1-3').

    PEG

    H(OCH2CH2)nOH; фильтровать; (хранить при 4oС).

    Конц.%(w/w)10ml50ml100ml150ml200ml
    PEG600040%37.214.0g20g40g60g80g
    H2OmQ62.796.75g33.75g67.5g101.25g135.0g

    p=1.075.

    PMSF

    (хранить при -20oС)

    Конц.Сток20ml
    C7H7FO2S100mM174.2g/M0.348g
    Isopropanol  20ml

    Retinoic acid

    (all trans-R.a., Витамин А, Tretinoin, светочувствителен, хранить при -20oС):

    Конц.Сток16.6ml
    C20H28O210mM300.4g/M50mg
    EtOH >96%16.6ml
  • Стоковый раствор 10mM, рабочий - свежеприготовленный 1mM в EtOH; как контроль добавлять чистый EtOH.

    • Sucrose

    Сахароза, C12H22O11, Mw=342.30g/M; 20oC.
    Плотности и индексы рефракции растворов сахарозы.
    Конц.Сток%(w/w)50ml100ml250ml
    Sucrose1M342.30g/M30.33017.115g34.23g85.58g
    H2O mQ69.67039.315ml78.63ml196.58ml
    1000ml/
    342.30g/M1M2M2.5M
    Sucrose [g]342.3
    		684.6
    		855.75
    H2O [ml]786.3
    		570.4
    		460.35
    %(w/w)30.33054.55065.022
    H2O %(w/w)69.67045.45034.978
    p (g/ml) 18oC1.12861.25501.3161

    Tris Cl

    трис-(оксиметил)-аминометан C4H11O3N; Mw=121.1g/M; (хранить при 4oС).

    Конц.Сток50 ml100 ml150ml200ml
    Tris-base1M121.1g/M6.0612.11g18.17g24.22g
    H2O до сум. веса mQ52.03g104.06g156.09g208.12g

    1M: p=1.0406

    Непроверенная информация 2M Tris base: 22.90%(w/w) Tris base, 77.10%(w/w) H2O; p=1.058

  • Нельзя обрабатывать DEPC, можно стерилизовать автоклавированием;
  • pH буферов на основе Tris зависит от концентрации; если считать исходным 50mM раствор, то:

    • pH(500mM) => + 0.05 ед. pH
    pH(5mM) => - 0.05 ед. pH

  • pH уменьшается на 0.028 ед. при увеличении температуры на 1oС.

    • Зависимость pH от температуры для 50mM Tris Cl.

    pH при g/50ml 1M или
    g/liter для 0.05 M
    5°C25°C37°C Tris HClTris BaseH2O Tris HClTris BaseH2O
    7.557.006.70 7.280.4744.28
    7.667.106.80 7.130.5744.33
    7.767.206.91 7.020.6744.34
    7.897.307.02 6.850.8044.38
    7.977.407.12 6.610.9744.45
    8.077.507.22 6.351.1844.50
    8.187.607.30 6.061.3944.58
    8.267.707.40 5.721.6644.65
    8.377.807.52 5.321.9744.74
    8.487.907.62 4.882.3044.85
    8.588.007.71 4.442.6544.94
    8.688.107.80 4.022.9745.04
    8.788.207.91 3.543.3445.15
    8.888.308.01 3.073.7045.26
    8.988.408.10 2.644.0345.36
    9.098.508.22 2.214.3645.46
    9.188.608.31 1.834.6545.55
    9.288.708.42 1.504.9045.63
    9.368.808.51 1.235.1345.67
    9.478.908.62 0.965.3245.75
    9.569.008.70 0.765.4745.80
    9.679.108.79 0.695.5345.81

    TrisCl: 250ml 1M

    V HClV HClpH
     010.44
     19.54
     29.26
     39.08
     3.78.98
    5ml 8.76
    6ml 8.67
     108.4
    11ml 8.22
     148.13
    13.5ml 8.06
    14ml 8.04
    15ml 7.97
     177.92
    16.5ml 7.82
    16.7ml 7.8
    17ml 7.77
    18.3ml 7.63
    18.6ml 7.59
     207.75
     237.4

    Tricine

    C6H13NO5, Mw=179.2g/M;(хранить при 4oС).

    Конц.Сток50ml
    Tricine1M179.2g/M8.96g
    H2O mQ  

    Приготовление 1M Tricine с различным pH:

    Нужный pH5N KOH
    [50ml]
    8.307.0ml
    8.387.5ml
    8.478.0ml
    8.58.15ml
    8.68.5ml
    8.689.0ml
    8.789.5ml
    8.9010.0ml

    Triethanolamine

    1M (хранить при 4oС):

    Конц.Сток%(w/w)50ml
    Triethanolamine1M149.19g/M14.697.46g
    6.66ml
    H2O mQ85.3143.34ml

    Urea

    Мочевина,CH4N2O, Mw=60.06g/M;

          Молярность; 1000ml /
    12345678910

    CH4N2O
    [g]

    		60.06
    		120.12
    		180.18
    		240.24
    		300.30
    		360.36
    		420.42
    		480.48
    		540.54
    		600.60
    H2O
    [ml]    		950.6
    		905.8
    		861.3
    		817.0
    		771.6
    		726.7
    		681.2
    		635.7
    		590.0
    		544.1
    p (g/ml)1.0111.0261.0411.0571.0721.0871.1021.1161.1311.145

    CH4N2O
    %(w/w)

    		5.9411.7117.3022.7228.0233.1538.1643.0547.8152.47
    H2O %(w/w)94.0688.2982.7077.2871.9866.8561.8459.9552.1947.53
  • растворимость: при 25oС: 10.49M, 5oС: ~8M;
  • A260(6M в H2O)<0.06;
  • при расчётах можно принять "частичную плотность мочевины" за 0.763.

    Щелочи и кислоты.

    название:формула:Mw% (w/w)[M]g в-ва в 1Lp [g/ml]ml/L для 1M р-ра
    Sodium hydroxideNaOH4050%19.17631.5352.4
    30.1%10.04001.329100
    10%2.751111.11363.6

    Potassium hydroxide

    KOH

    		56.150%13.57571.5274.1
    23.06%5.0280.61.217200
    10%1.941091.09515.5
    Ammonium hydroxideNH4OH35.028%14.82510.89867.6
    Acetic acid, glacialCH3COOH60.0599.5%17.410451.0557.5
    Acetic acid36%6.273761.045159.5
    Formic acidHCOOH46.0290%23.410801.2042.7
    Hydrochloric acidHCl36.536%11.64241.1886.2
    10%2.91051.05344.8
    Nitric acidHNO363.0271%15.9910081.4262.5
    67%14.99381.4067.1
    61%13.38371.3775.2
    Perchloric acidHClO4100.570%11.6511721.6785.8
    60%9.29231.54108.7
    Phosphoric acidH3PO498.085%18.114451.7155.2
    Sulfuric acidH2SO498.196%18.017661.8455.6
  • см. опасные вещества.

    • NaOH

    Mw=40g/M; (хранить при NT).

    Конц.Сток%(w/w)50ml200ml300ml
    NaOH10M40g/M30.120g80g120g
    H2O mQ69.9046.45ml185.8ml278.7ml

    10M: 30.10%; p=1.329.

    Конц.Сток%(w/w)50ml150ml200ml
    NaOH1M10M12.875ml
    6.645g    		15ml
    19.94g    		20ml
    26.58g
    H2O mQ87.1345ml135ml180ml
  • Для хранения лучше использовать пластиковую посуду, т.к. щелочь слегка растворяет стекло.

    • KOH

    Mw=56.11g/M; (хранить при NT).

    Конц.Сток%(w/w)10ml50ml100ml150ml
    KOH5M56.11g/M23.052.806g14.03g28.06g42.08g
    H2O mQ76.959.363g46.81g93.63g140.4g

    5M: 23.06%; p=1.217.

  • Для хранения лучше использовать пластиковую посуду, т.к. щелочь слегка растворяет стекло.

    • ТХУ

    Трихлоруксусная кислота,CCl3CO2H Mw=163.39g/M,(хранить при NT, в темноте, под тягой).

    Конц.%(w/w)5ml10ml25ml50ml
    TХУ100% (w/v)68.785.0g10.0g25.0g50.0g
    H2OmQ31.222.27ml4.54ml11.35ml22.7ml

    Детергенты.

  • Детергенты - это растворимые в воде полярные липиды. Обычно они классифицируются по типу гидрофильной группы: анионные, катионные, амфотерные и неионные. Обычно неионные и амфотерные детергенты денатурируют белки в меньшей степени, чем ионные детергенты. Sodium cholate и sodium deoxycholate - самые слабые денатуранты среди обычно используемых детергентов.
  • Две важные характеристики детергентов: (i) критическая концентрация мицелообразования (CMC) - концентрация при которой мономеры детергента начинают образовывать мицелы и (ii) молекулярный вес мицелл (детергенты с высоким мол. весом мицелл сложно убрать диализом, они проскакивают сквозь гель-фильтрационные колонки). Обе характеристики зависят от используемого буферного раствора. Обычно добавление соли понижает CMC и увеличивает размер мицелл.



    • ДетергентTплMw [Da]CMC
    мономермицелла%(w/v)M
    Анионные
    SDS20628818,0000.238.0 x 10-3
    Cholate2014304,3000.601.4 x 10-2
    Deoxycholate1754324,2000.215.0 x 10-3
    Катионные
    C16TAB23036562,000.041.0 x 10-3
    Амфотерные
    LysoPC-49592,0000.00047.0 x 10-6
    CHAPS1576156,1500.491.4 x 10-3
    Zwittergent 3-14-36530,0000.0113.0 x 10-4
    Неионные
    Octyl glucoside1052928,0000.732.3 x 10-2
    Digitonin2351,22970,000--
    C12E8-54265,0000.0058.7 x 10-5
    Lubrol PX-58264,0000.0061.0 x 10-4
    Triton X-100-65090,0000.0213.0 x 10-4
    Nonident P-40-60390,0000.0173.0 x 10-4
    Tween 80-1,31076,0000.0021.2 x 10-5


    Детергент123456789101112 1 - Сильно денатурирующий;
    2 - Диализуемый;
    3 - Ион-обмениваемые, не подходят для ионообменной хромотографии;
    4 - Сложные ионы;
    5 - Сильное погл. A280;
    6 - Мешает анализам;
    7 - Преципитирует на холоду;
    8 - Высокая цена;
    9 - Лёгкость очистки;
    10 - Изотоп-меченье;
    11 - Определённый состав;
    12 - Автоокисление
    Анионные
    SDS++++--+-+++-
    Cholate-+++----+++-
    Deoxycholate-+++--+-+++-
    Катионные
    C16TAB+++---+-+-+-
    Амфотерные
    LysoPC+/-------++/-++-
    CHAPS-+-----++-+-
    Zwittergent 3-14+/-+/------++-+-
    Неионные
    Octyl glucoside-+-----+-++-
    Digitonin-------++-  
    C12E8---+/----+-+-+
    Lubrol PX---+/--+/----+-+
    Triton X-100---+/-++/----+-+
    Nonident P-40---+/-++/----+-+
    Tween 80---+/--+/----+-+
    C16TAB - hexadecyl trimethylammonium bromide;
    LysoPC - lysophosphatidylcholine.
    * Sodium cholate и sodium deoxycholate нерастворимы при <pH 7.5 или при ионной силе выше 0.1%. SDS часто выпадает в осадок при температуре ниже 20oC.
    ** Ионные детергенты вызывают проблемы при изоэлектрическом фокусировании.
    *** Ионные и амфотерные детергенты обычно удаётся убрать диализом.
    **** Фенол-содержащие детергенты (например Triton X-100 и NP-40) вызывают преципитацию при Folin protein assay (но они не мешают Bradford protein assay).

    N-Lauroylsarcosine Na

    (хранить при NT).

    Конц.Сток%(w/w)1ml3ml5ml15ml50ml
    Sarc10%30%33.930.333ml
    0.342g    		1.00ml
    1.027g    		1.67ml
    1.712g    		5.00ml
    5.14g    		16.67ml
    17.12g
    H2O mQ66.070.667ml2.00ml3.33ml10.00ml33.33ml

    p=1.017.

    SDS

    Sodium dodecyl sulfate, sodium lauryl sulfate; [CH3(CH2)10CH2SO4]Na; Mw=288.4g/M; (хранить при NT).

    Конц.Сток%(w/w)100 ml250 ml300 ml400 ml
    SDS10%(w/v)тв.9.8210g25g30g40g
    H2O mQ90.1891.8 ml229.5 ml275.4 ml367.2 ml

    p = 1.018

  • Взвешивать под тягой, лучше в маске.
  • Чтобы растворить - нагреть до 60-80oС. Проконтролировать pH если сильно отличается от нейтрального (~7.2-7.5) - довести разбавленной кислотой (щелочью).
  • опасное вещество.

    • Органические растворители.

    Фенол

    Фенол /оксибензол; карболовая кислота/ C6H5OH; Mw=94.1g/M
    p=1.054, tm= 43, tb= 182, pKa=10.0
    растворимость: 6.8 16H2O, бесконечно 66H2O; бесконечно EtOH

  • опасное вещество.

    • Приготовление "кислого" и "нейтрального" фенола

    а) начиная с перегонки:

    1. перегнать под H2O;
    2. оставить водной фазы столько, чтобы она составляла ~1/10 от объёма фенольной фазы;
    3. добавить 8-гидроксихинолин до 0.1% (относительно фенольной фазы) и ßMeEtOH (2-меркаптоэтанол) до 0.2% (относительно водной фазы = 0.02% относительно фенольной);

      4. то, что получилось на этом этапе – "кислый фенол*", хранить при -20oС (~год);

    4. к свежему (или перегнанному) фенолу + равный объём 0.2 M Tris-base, смешивать ~0.5-1h;
    5. снять водную фазу;
    6. + 0.1V 0.1M Tris-Cl, pH 8.0
    7. 0.2% ßMeEtOH
    8. смешивать ~0.5-1h;
    9. хранить при 4oC (в темноте) ~месяц.

    b) начиная с хорошего покупного:

    1. насытить фенол H2O (добавив приблизительно 1/5 объёма воды;
    2. далее - аналогично (а), начиная с п.2.

    ______________
    * Для экстракции RNA "кислый фенол" лучше уравновесить "буфером для уравновешивания кислого фенола" (хранить при 4oС):

    Конц.Сток100ml
    AcONa, pH 5.150mM3M1.67ml
    EDTA10mM0.5M2.0ml
    H2O mQ96.0ml
  • проверить pH, если надо, довести до pH5.1 разбавленной уксусной кислотой (1:100).

    • Непроверенная информация В методиках "Mitchell Group" написано, что кислый фенол относительно стабилен, а нейтрализованный - нет. Они рекомендуют готовить нейтральный фенол лишь на несколько недель работы.
    Непроверенная информация 8-гидроксихинолин и ßMeEtOH - антиоксиданты, продлевают "жизнь" фенолу. Кроме того, 8-гидроксихинолин красит фенол в приятный жёлтый цвет, помогающий разобраться, где какая фаза, и, говорят, является слабым ингибитором RNase.

    EtOH

    CH3CH2OH; Mw=46.1g/M;

    плотности водных растворов этанола.
  • сильно гигроскопичен, (хранить при NT в плотно закрытой посуде); tпл.=-117.3oC; tкип.=78.5oC.

    • Конц.Сток300ml
    EtOH70%96%190g
    H2O mQ70ml

    Приготовление 100% EtOH.

    1. высушить в термостате (65oС, 1-2 суток) медный купорос до почти белого цвета;
    2. засыпать его на 1/4 в емкость, в которой будет находиться 100% EtOH;
    3. добавить 96% спирт, интенсивно встряхивать и оставить на 1-2 суток. CuSO4"заберёт" воду из спирта.

    Непроверенная информация Тест на абсолютный спирт: добавить каплю к некоторому количеству ксилола, если появится муть - спирт не абсолютный.


"Практическая Молекулярная Биология" http://molbiol.edu.ru
e-mail: pmb@molbiol.edu.ru


Rambler's Top100

Hosted by uCoz